快递公司把证件丢失了该如何赔偿，需根据具体情况决定：

（1）保价的邮件丢失或者全部损毁的，需要按照保价的额度赔偿；

（2）保价的邮件部分损毁或者内件短少的，按照保价额与邮件全部价值的比例对邮件的实际损失予以赔偿；

（3）未保价的邮件丢失、损毁或者内件短少的，按照实际损失赔偿，但最高赔偿额不超过所收取资费的三倍。