去医院做囊肿手术可以医保报销。只要患者交有合作医疗和医保是可以报销的，在正规医院住院后能报销的，门诊处理是一般不能报销。囊肿一般为良性疾病，较小的囊肿可在普通外科门诊手术室进行门诊手术，费用较低，手术费约几百元左右。加上麻药和麻醉费用，一般也是需要几百元。

如果是较大的囊肿或囊肿位置较深，需要住院在手术室进行手术，那么术前需要进行简单的采血、心电图、胸片检查，总费用约为两千元左右。这些费用都是医疗保险报销前的费用。