保底收入的补充协议是为了确保双方在特定情况下能够获得最低收益或保护某一方的权益。在制定保底条款时，应当明确争议解决的方式和程序，以便在发生纠纷时能够及时解决。

首先，双方应明确约定最低收益标准，包括达成最低收益的金额、份额或销售额等具体指标。

其次，应当规定风险分担方式，明确如果未达到最低收益，该由哪一方承担损失。

最后，应当定义最低收益的计算方式，并明确双方的权益和责任。

此外，保底条款补充协议还应当考虑到双方的合作关系和平利益，避免给对方造成不合理的损害或不公平的利益分配。