神木红碱淖的水主要来自于地下水资源和周边地区的降水。作为一个天然的淖泽湿地，红碱淖地处在黄土高原边缘，受降水和地下水补给，湖泊水量主要来自于这些水源的补给。在降水季节，雨水会陆续补给红碱淖的水量，而地下水则是源源不断地补给着湖泊的水量，保持着湖泊的稳定水位。因此，红碱淖的水源主要来自于地下水和周边地区的降水，形成了这一大自然景观。