在刑事案件中，证据的完整性和确凿性非常重要，如果证据存在瑕疵或者不完整，不能单纯地认定被告人有罪。如果证据存在瑕疵，应该进行进一步的调查和诉讼程序，确保被告人的权利不被侵犯。

在审判过程中，法官应该对证据进行综合分析和权衡，尽可能保证判决的公正性和合理性。因此，刑事案件证据有瑕疵时不能仅凭证据本身来认定被告人的罪名。