公司不能看到员工的专项扣除具体信息。员工的专项扣除信息属于个人隐私，受法律保护，因此公司无法查看。这些信息只能由员工自己通过个人所得税APP或税务局网站等渠道提交和查询。

但是，公司可以看到员工提交的专项扣除后的应纳税所得额和已缴税款等信息。这是因为公司在为员工代扣代缴个人所得税时，需要了解员工的应纳税所得额和已缴税款，以便正确计算员工的工资和奖金等收入。

总之，员工的专项扣除信息属于个人隐私，公司无法查看，但可以看到员工提交专项扣除后的应纳税所得额和已缴税款等信息。