车辆登记证书补办后编号会变更。

车辆登记证书是车辆所有权的法律证明，补办后原证书上面记载的内容不会发生改变，也不会减少记载的信息、参数、车辆变更登记内容，只会增加补办机动车登记证书的信息，更改发证日期。