对于荔湾区商业用房超建问题，需要依据具体情况进行补偿。一般情况下，需要提交相应补偿方案，并经过有关部门的审批才能实施。补偿方式可以包括经济补偿、重新规划、拆除改建等多种方式。需要注意的是，补偿方案必须符合法律法规，并充分保障相关人员的合法权益，以达到合理、公平、公正的效果。