公司变更薪酬制度后，公积金应根据新的薪酬制度进行调整，具体步骤如下：

1.计算新的公积金基数：根据新的薪酬制度计算出员工的基本工资及津贴等福利费用，确定员工的新公积金基数。

2.制定新的公积金缴存方案：根据新的公积金基数，制定新的公积金缴存方案，包括公积金缴存比例、缴存基数、缴存周期等。

3.通知员工缴存变化：公司应及时通知员工新的公积金缴存方案，并告知员工需要提交新的公积金缴存申请或更改原有的申请。

4.更新系统设置：根据新的公积金缴存方案，及时更新公司的人事管理系统或财务系统，确保员工的公积金缴存信息正确无误。

5.及时处理留存问题：如果员工在公司变更薪酬制度前留存在公积金账户中的金额，公司应及时处理这些留存问题，确保员工的公积金账户正常运作。

总之，公司变更薪酬制度后，应及时调整公积金缴存方案，通知员工变化并更新系统设置，确保员工能够正常缴存公积金。