温州南站共设有10个检票口，分别为1~10号检票口。其中，1~4号检票口位于北站房，5~10号检票口位于南站房。旅客可以根据自己的车次及座位信息，选择对应的检票口进行检票。温州南站是福厦高铁和南温铁路交汇处，日均进站旅客量巨大，设立10个检票口可以有效地分流旅客，避免人员拥堵，保障旅客出行顺畅。

车站内还设置了电子导向屏和工作人员指引，方便旅客快速找到自己的检票口。