诸葛亮的神机妙算在三国演义中有很多体现，以下是几个典型的故事：

1. 草船借箭：赤壁之战前，刘备军队因箭矢不足而陷入困境。诸葛亮设计了一个巧妙的计策，利用草船来借箭。他命令士兵将草船驶向曹军水师，在雾气中诱使曹军射箭。曹军误以为敌军来袭，纷纷射箭。待雾散后，诸葛亮的士兵们收集草船上的箭矢，顺利解决了箭矢短缺的问题。

2. 空城计：诸葛亮与司马懿交战，因兵力不足，诸葛亮便运用空城计。他命令士兵全部离开城楼，自己则坐在城楼上悠然自得地弹琴。司马懿怀疑诸葛亮设下埋伏，因此不敢进攻。最后诸葛亮成功化解了危机。

3. 卧龙岗三顾茅庐：刘备为了得到诸葛亮的辅佐，三次上山拜访。第一次，诸葛亮外出；第二次，诸葛亮在家生病；第三次，诸葛亮在家中。刘备三次上山，体现了诸葛亮对刘备的信任和忠诚。

4. 火烧连营：诸葛亮为了击败曹操，运用火攻战术，火烧连营。他命令士兵在夜间放火，焚烧曹军营寨。曹军混乱不堪，最终被蜀军击败。

5. 木牛流马：在诸葛亮征讨南蛮时，为了解决粮草运输问题，他发明了木牛流马。这种工具可以将粮草方便地运输到前线，减轻了士兵的负担。

这些故事都体现了诸葛亮的智慧、谋略和军事才能，使他成为三国时期最杰出的军事家之一。