凤庆中和飞机场主要飞往中国国内各大城市的航班，如北京、上海、广州、深圳、成都等。此外，也有一些国际航班飞往东南亚国家，如泰国、马来西亚和新加坡等。由于凤庆中和飞机场地理位置优越，离云南省省会昆明市不远，因此也有一些航班前往昆明，并且作为昆明长水国际机场的一个重要支线机场，凤庆中和飞机场承担着一定的客流量和货运任务。