个体工商户零元入住需要在申请后交保证金。

因为在申请成为个体工商户的过程中，需要填写相关资料并进行审核，审核通过后方可进行入住。

为保障交易安全和消费者权益，平台通常会要求个体工商户交纳一定金额的保证金，作为违规处理或赔偿消费者等情况下的赔偿资金。

因此，在个体工商户零元入住申请审核通过后，一般需要在给定的时间内缴纳相应的保证金。

另外，需要注意的是不同平台的保证金要求可能不同，具体的缴纳方式和金额也会有所差异，建议在申请前仔细阅读相关的入住协议和政策规定，并咨询平台客服，以免造成不必要的损失。