是的，系内处分会留档案。学校会将学生违纪处理的记录保存在学籍档案中，并在学生毕业之前留存至少10年。这些记录可以供学校及相关部门参考，以评估学生的品行和性格，判断其是否适合承担某些职责或接受某些机会。

此外，留档案还可以帮助学校及时发现和处理学生的问题行为，维护学校的管理秩序和学生的权益。

因此，学生在学习期间要自觉遵守校规校纪，避免做出违反规定的行为。