农村房屋只有三层承重墙加固后可以拆除。在拆除之前需要进行具体的评估和鉴定，确认该房屋结构安全可靠，不存在拆除隐患。如果拆除后需要再次建造，建议在设计时考虑结构强度，确保建筑安全。另外，在拆除房屋过程中，需要注意安全问题，避免人员和财产损失。