中国承认日本汉方专利。

因为中国与日本都是签署了WTO协议的成员国，在国际知识产权领域分享专利技术，而汉方专利属于一种自然药物或者传统药物，不同于化学合成的药物专利，中国政府也一直支持汉方药的发展。

据公开资料显示，中国和日本之间签署了相互认可专利的协议，包括汉方药专利，所以中国承认日本汉方专利。

需要注意的是，每个国家对于汉方的理解和应用也会有所不同，因此在具体实施过程中仍需要根据各自国家的相关法规进行实践。