参考文献改字体后对齐的方法有多种，以下是一些常用的方法：

使用自动对齐工具：像EndNote、EndNoteX6和Microsoft Word等工具，可以根据参考文献的格式自动调整字体、字号、行距等，使得参考文献在改变字体后依然能够保持对齐。

手动调整行距和字体：虽然这种方法相对繁琐，但通过手动调整参考文献的行距和字体，可以确保它们在改变字体后仍然对齐。在调整时，需要注意不要过于复杂，以免导致参考文献格式混乱。

使用引用网格：这是一种专门的对齐工具。将参考文献复制粘贴到引用网格中，然后根据网格中心调整参考文献的格式，确保其在改变字体后仍然对齐。

使用其他工具：除了上述工具，还有一些其他的对齐工具，如Prezi、Google Docs和Adobe InDesign等，也可以帮助调整参考文献的对齐方式。

无论使用哪种方法，都需要注意保持参考文献的格式统一和规范，以便读者能够方便一地阅读和引用。