员工要求补缴社保差额时，公司应首先核实员工的请求是否合理。如果确实存在公司未为员工足额缴纳社保的情况，公司可以按照以下步骤进行处理：

1. 计算补缴金额：公司补缴员工社保的费用=缴费基数*缴费比例+滞纳金+利息。

2. 准备相关材料：填报《社会保险人员补缴申报表》，一式两份并加盖公章；补缴期间的职工劳动合同原件及加盖公章的复印件；补缴期间的职工原始工资表及加盖公章的复印件。

3. 向当地社保稽核部门和公积金管理中心申请补缴：补缴社保、公积金的管辖机构并非仲裁委或法院，而是当地社保稽核部门和公积金管理中心。如果因为公司没有开设社保和公积金账户，而没给员工交社保和公积金，就要先到当地劳动监察大队投诉，让公司开户，再到社保稽核部门和公积金管理中心进行补缴。

4. 如果员工不同意公司的补缴方案，可以考虑通过法律途径解决。但需要注意，最高法院认为补缴养老保险不属劳动仲裁受理范围。因此，员工可以选择去社保部门投诉要求公司补缴，而不是直接来法院告。

在处理此类问题时，建议公司与员工进行充分沟通，确保双方的权益得到保障。