南山区线下办理港澳通行证的流程如下： 携带有效身份证件（身份证、护照等）、近期免冠彩色照片（2张、2寸）、户口簿、填写完整的《港澳通行证申请表》到南山区公安分局户籍科（地址：深圳市南山区桃源街道松坪西路97号）提出申请。

提交资料后，工作人员会进行审核，合格后缴纳工本费。 审核通过后，即可领取港澳通行证。