使用PE分区后，扩展之后容量不见了是因为每个分区都会保留一定的空间作为系统文件或者备份，以确保系统的稳定性和安全性。此外，文件系统也会占用一定的空间来存储文件索引等信息。

因此，即使扩展了分区的容量，但一部分空间仍然会被分配给系统和文件系统，导致看起来容量没有完全增加。这是为了保证系统运行的正常和数据的安全。