小麦真菌和细菌均属于生物体中的微生物，但它们在形态、结构、代谢方式和生理特征等方面有所不同。

小麦真菌是一类主要由孢子繁殖的真菌，它们通过生殖结构、柄和孢子特征进行分类，多数能够在小麦及其制品上生长繁殖，从而导致小麦的质量下降和变质。另外，小麦真菌还可能产生一些有毒物质，对人体健康产生危害。

细菌是一类单细胞的原核生物，结构简单，没有真菌的菌丝、菌落和芽胞等结构。细菌的数量极为庞大，有着多样化的代谢过程，有些细菌对人体和环境有重要作用，有些则是流行病学和食品安全领域的重要病原体。细菌可以在异质菌群中生存，一些有益的细菌通过竞争性抑制、占据营养基地，发挥对它们有益的生化作用。

总的来说，小麦真菌对小麦及其制品对质量有危害作用，有些还有毒性；而细菌在生化代谢过程中，一些可以是有益菌，但也有一些是病原菌。