清洗鱼缸底部干净的方法如下：

完全清洗 。将鱼移到临时容器中，排空鱼缸中的水，并清除底部的废弃物、残留饲料等，用清水冲洗鱼缸内壁及装饰物，清洗过滤系统，最后逐渐加入鱼缸水，将鱼移回鱼缸。

部分清洗 。使用鱼缸吸尘器或水泵等工具，吸取底部的废物和残留物，保持鱼缸清洁。

定期吸走沉淀物 。建议一周至少一次。

使用生态滤池 。生态滤池运行时会产生氧气泡，并形成水流动态，将底部的沉淀物悬浮到水表面，等待被吸入滤材中，同时也可以使水流更加活跃，避免底部水质积素状况。