是的，如果您在巴库转机且持有中国护照，您需要办理阿塞拜疆的过境签证才能在巴库机场过境。过境签证可以在阿塞拜疆驻华大使馆办理或者在巴库机场的过境签证柜台申请办理。如果您没有有效的过境签证，可能会被拒绝登机或被拦截在巴库机场。因此，在出发前请务必确认自己是否需要申请阿塞拜疆的过境签证并提前办理。