有机银耳与古田银耳最主要的不同在于产地与栽培方式。古田银耳是一种具有地理标志的农产品，产自福建省古田县的山区，野生银耳资源有限，以人工培植为主。

而有机银耳则是指在无化学农药、无化学肥料、无任何人工添加物的情况下,采用有机肥料和生物有机技术，在有机基地内种植的银耳。由于有机银耳的生长环境和品质控制都更加细致，它含有更多营养成分，口感更好。同时，它也符合现代人们对于健康、环保和有机食品的需求。