企业退休人员二次补发工资从2016年开始。

因为2016年11月1日国务院发布了《企业退休人员基本养老金月发放暂行办法》，规定企业退休人员自2016年1月1日起，按照全口径社会平均工资的60%来确定基本养老金，对于企业退休人员基本养老金未能及时调整到位的，应当在2016年12月底前一次性补发差额部分，并按照月份进行二次补发。

因此，企业退休人员二次补发工资从2016年开始。

值得一提的是，不同省份、不同企业可能存在不同的补发时间，需要根据具体情况来确定。