调试效果器的主输出和辅助输出需要遵循以下步骤。

首先，将吉他或任何音频源接入效果器，然后连接主放大器或调音台的主输出和辅助输出。

接下来，调整效果器的主输出和辅助输出的音量水平，以确保其与放大器或调音台的音量平衡。

然后，使用不同的效果调节效果器的音色和品质。可以使用EQ，延迟，合唱和其他效果来改变声音的质量。

最后，要检查主输出和辅助输出的信号质量和噪声水平，以确保出现任何问题时及时进行调整。