水蚺是卵生动物。它们在繁殖季节内会进入水中寻找适当的泥沙或植物种子作为产卵的基地。产卵后，水蚺会离开这个区域，卵会在水中自然孵化。水蚺卵的孵化时间取决于水体温度、流速等因素，一般需要3-4个月时间。孵化后的幼体水蚺会在水中自力爬出卵壳，并迅速学会游泳和呼吸。与其他蛇类不同的是，水蚺的幼体出生时已经具有完整的鳞片、牙齿和迅速发展的运动能力。