吉木萨尔县海拔726米。吉木萨尔县位于新疆维吾尔自治区天山北麓东端，准噶尔盆地东南缘。地形地貌吉木萨尔县地势南高北低。地貌南部为高山雪岭，北部为卡拉麦里山岭的低山残丘，两山之间是山前倾斜平原和低缓起伏的沙丘，最高点是二工河源头的雪峰，海拔4344.8米，最低处是准噶尔腹地沙漠，海拔500米。