根据保险合同的条款，保险公司通常不会赔偿因员工故意放火造成的损失。因为故意放火属于保险合同中的违约行为，保险公司有权拒绝赔偿。保险的目的是为了赔偿意外和意外事件造成的损失，而不是为了赔偿故意行为所导致的损失。因此，如果工厂发生员工故意放火的情况，保险公司一般不会赔偿相关的损失。