如果车主没有营运证，但购买了商业保险，遇到事故保险公司应该按照合同约定进行理赔。如果保险公司拒绝理赔，车主可以委托律师或通过保险消费者投诉渠道维护自己的利益。同时，车主也应该遵守道路交通法规，确保行驶安全，避免出现不必要的风险。