伊塞克湖的湖水主要来源于河流水，而河流的主要补给是高山冰雪融水，夏季气温高，冰雪融化量大，冬季气温低，冰雪融化量小。

伊塞克湖属于内陆咸水湖，湖面平均海拔约1608米，面积6300多平方千米，是世界最深的高山大湖，湖水清澈澄碧，终年不冻。该区域的平原低地主要分布在伊塞克湖湖盆区内东西两侧。是吉尔吉斯斯坦的重要产粮区和畜牧区。由于地理位置特殊，伊塞克湖成为候鸟迁徒、过冬、繁殖之地。1948年建立了伊塞克湖野生动物保护区。