汽车自燃后可以按照以下程序申请赔偿：

1、及时报警，让消防部门出具火灾原因认定书，有这个认定书就可以认定汽车是自燃行为，而非车主本身的原因；

2、车主跟厂家协商，委托鉴定单位鉴定；

3、如果有自燃保险，先通知保险公司，申请理赔；

4、及时通知汽车经销商，说明提供的车辆存在质量问题，进行维权。