运营扣点的做账方法如下：

记录交易明细：商家应及时、准确地记录每一笔交易的详细信息，包括订单号、交易金额、扣点比例等，以便为后续的财务核算提供依据，并方便与运营平台进行对账。

确认结算周期：商家需要了解运营平台的结算周期和扣点计算规则，以便按时进行账务处理。通常，运营平台会在每个结算周期结束后，自动从商家的账户中扣除相应的扣点金额。

对账与调整：商家需要定期对账，将实际扣点金额与预期扣点金额进行比对，确保账务的准确性。如果发现有差异或错误，商家应及时联系运营平台客服核实，并进行调整。

请注意，具体的做账方法可能因运营平台的规则和要求而有所不同，因此商家在实际操作中应仔细阅读相关协议和规定，确保合规经营。