当社保转农合后，原社保账户中的余额一般会根据当地政策进行处理。具体使用方式可能因地区而异，以下是一般的情况：

1. 转入农合的社保余额可以用于农村医疗保险的支付。农合参保人员在需要医疗服务时，可以使用农合卡进行医疗费用的结算，农合会从余额中扣除相应的费用。

2. 有些地区可以将社保余额作为个人账户储存起来，用于未来的医疗费用支付。

3. 在一些特定情况下，可能还可以办理退费手续，将社保余额退还给个人，但具体退费政策会有一定的限制和规定。

因为社保转农合的具体操作和政策会有所不同，建议您咨询所在地的社保或农合管理机构，了解详细的操作流程和政策规定。