南京南站直接乘坐地铁3号线，在鸡鸣寺站下车，出来地铁站就是鸡鸣寺景区；去牛首山的话，乘坐地铁S1号线，在河海大学佛城西路站下车，沿着佛城西路向西走，走到尽头就是牛首山。