如果摩托车被电子眼抓拍了几十次，首先要确定是否违反交通规则，如果是，应及时反思自己的驾驶行为，并且尽量遵守交通法规。然后，根据具体情况，可以选择以下几种处理方式：

1）支付相应的罚款，接受违规行为的后果；

2）申请申诉，提供证据证明自己的无辜；

3）参加交通安全教育培训，增强交通法规的意识和安全驾驶技能。无论哪种方式，都应当以遵守交通规则和保证安全为前提，避免再次被抓拍。