吴军博士本科毕业于清华大学计算机系，硕士毕业于清华大学电子工程系。1993年至1996年在清华大学任讲师，之后赴美国约翰·霍普金斯大学攻读计算机科学专业博士学位并于2000年获得博士学位。

之后曾在百度、Google等公司担任高级职务，现为工业和信息化部顾问、约翰·霍普金斯大学工程学院董事、上海交通大学客座教授。除了工作外，吴军博士还是畅销书作家，他出版过《数学之美》、《浪潮之巅》、《文明之光》等多部畅销书籍。