如果整层楼房是商业用途的，那么将其中的一间厕所改为商业用房是不违规的。但如果整层楼房是居民住宅，那么将厕所改为商业用房可能涉及到建筑和规划等法律法规的问题，需要符合相关规定并申请相应手续。否则，这样的改动属于违规操作，存在被处罚的风险。建议在进行任何改变之前，应该先咨询专业的建筑师或律师，确保操作的合法性和合规性。