特殊食品生产企业应当由监管部门负责包保，包括国家相关部门、地方政府食品药品监管机构等。监管部门要对特殊食品生产企业进行严格的监管和管理，加强对企业的生产工艺、原材料、产品标签、生产场所等方面的审查，确保所生产的特殊食品符合标准，达到安全可控的要求。

同时，监管部门还要加强对企业的监督检查，及时发现和处理生产过程中的问题，及时通报食品安全事件，确保人民群众健康和生命安全。