巴丹吉林沙漠深居内陆地球，远离海洋，加上山岭的重重阻挡，海洋水汽难以到达，降水少气候干旱因而形成沙漠。关于巴丹吉林沙漠的湖泊形成的原因：湖泊的水源供给主要来自地下水。从地壳深处溢出来的，温度较高且稳定的热泉水，形成了沙漠中144个内陆小湖。