《名侦探柯南》还没有完结，网络上有很多关于它的大结局的猜测，以下列举其中4种结局：

结局一：新一和灰原哀通过调查找到了黑衣组织的基地，并将其一网打尽。之后阿笠博士制作出了解药，让新一和灰原哀恢复到原来的样子，从此新一与小兰过上了幸福的生活。

结局二：黑衣组织被新一一网打尽，但是由于新一中毒时间过长，解药也无法对其产生作用，只能以小孩的样子待在小兰身边，直到重新长大。

结局三：新一对决黑衣组织时，为保护小兰不幸牺牲。事后恢复成大人模样的灰原哀将所有的事情都告知了小兰，自己也选择了离开日本过上隐居生活。

结局四：新一和灰原哀侥幸恢复本来的样子，但黑衣组织却奇迹般消失了。无奈的新一只好与灰原哀继续调查黑衣组织的去向，两人在相处中逐渐对彼此产生了感情，于是他们走到了一起，而小兰也选择了放手。