好医保扣款提醒用户的方式多样。一般来说，会通过支付宝的消息通知、邮件通知或者短信通知来提醒用户。这些提醒会告知用户扣款的金额、时间以及保单的相关信息，确保用户及时了解扣款情况。同时，用户也可以在支付宝的蚂蚁保或好医保相关页面查看扣款记录和保单详情。