如果因为疫情原因，工伤职工只在前两个月上班，那么在计算平均工资时，应当将这两个月的工资纳入计算。

根据《工伤保险条例》规定，本人工资是指工伤职工因工作遭受事故伤害或者患职业病前 12 个月平均月缴费工资。如果工伤职工实际工作不足 12 个月，那么应按实际工作的月份计算平均工资。

因此，在这种情况下，工伤赔偿的平均工资应为工伤职工前两个月的实际工资总和除以 2。如果工伤职工在前两个月的工资不同，那么可以按实际工资数额进行计算。

需要注意的是，这里的工资是指工伤职工的应发工资，而不是实际到手的实发工资。应发工资通常包括底薪、加班费、绩效、补贴、奖金等收入的总和。