特殊病种不一定只能在门诊使用，具体取决于医疗机构的规定和医生的诊断。特殊病种通常指的是一些较为罕见或特殊的疾病，需要特殊的诊断和治疗方式。

对于某些特殊病种，门诊治疗可能是更常见的选择，因为这些疾病通常不需要住院治疗或手术等大型医疗服务。在门诊设置的医疗设施中，医生可以进行相关的诊断、咨询和药物治疗，以满足患者的需求。

然而，对于某些特殊病种，可能需要住院治疗或接受特殊的医疗程序，例如手术、放疗、化疗或其他进一步的检查和治疗。这些情况下，患者可能需要在医院或其他特定的医疗机构接受治疗。

因此，特殊病种是否只能在门诊使用取决于具体的病情和医生的诊断。建议您咨询就诊的医生或医疗机构，以了解最适合您疾病情况的治疗方式和就医指导。