琼州海峡通道不能填海，主要是因为在填海的过程中，会对环境造成非常严重的影响。填海会破坏海水生态系统，对海洋生物和珊瑚礁造成伤害，并导致海岸线退缩，甚至永久性地改变海洋的生态和地貌。

此外，填海还会导致海水污染和水文变化等问题，可能会对岛屿居民的生活和安全造成威胁。因此，为了保护海洋生态环境和人类居住的安全，琼州海峡通道不能进行填海工程。