是的，员工写的双方协议对公司有影响。协议内容可能涉及员工离职后对公司的义务和权利，如知识产权、竞业限制、保密条款等。如果协议没有恰当地处理这些问题，可能会导致公司面临潜在的法律风险或财务损失。因此，公司应该确保协议的条款合法合规，最好由专业律师审查。