格式不同：港澳通行证本是一本护照式的证件，而港澳通行证卡是一张类似于身份证的塑料卡片。
功能不同：港澳通行证本和卡的使用范围略有不同。通行证本除了可以用于到香港和澳门旅游，还可以用于公务、商务和个人事务等方面；而通行证卡主要适用于香港和澳门居民通行内地及外国旅游，以及境外回乡等。
申请条件不同：申请港澳通行证本需要提供照片、身份证、户口本等材料，需要前往公安机关或出入境管理部门办理。而申请港澳通行证卡需要满足特定的资格条件，如持有香港或澳门居民身份证等，可以通过线上或线下申请。
总的来说，港澳通行证本和卡虽然都是可以用于到香港和澳门旅游的证件，但是它们的功能和使用范围存在一定差异，需要根据自己的情况选择合适的证件。