办理商铺房产证100万大概需要五万左右的费用，一般办理商铺他主要是契税，根据国家规定按商铺总价4%征收，房屋维修基金120块钱一平米，办理不动产证工本费550元，不过是两本不动产证加十元，交易费5‰，再加上其他的印花税，合计大约五万元。