有区别，区别在于，林权证和不动产权证在多个方面存在显著的区别。

首先，它们的发证机关不同。林权证主要由县级以上林业主管部门发放，而不动产权证则是由县级以上国土主管部门负责发放。

其次，它们的对象也有所不同。林权证主要针对的是林木及其所占用的土地，确认的是林木的所有权或者使用权；而不动产权证则是对中华人民共和国人民的不允许动的房产权利证明，主要针对的是房屋及其所占用的土地。

最后，两者的法律效力也有所区别。林权证代表了权利人对林木的所有权或者对林木所占用土地的使用权，是权利人享受相应权利的法律依据；而不动产权证则代表了权利人对房屋的所有权及其所占用的土地的使用权。

综上所述，林权证和不动产权证在发证机关、对象和法律效力等方面都存在明显的区别。如需了解更多关于两者区别的信息，建议查阅相关法律法规或咨询专业律师。