福建医科大学的现任校长是江炳祺，是教授级高级职称。江炳祺曾任教于北京大学、厦门大学等知名高校，并在中国科学院上海生命科学研究院工程细胞生物学国家重点实验室工作过，是国际著名的干细胞生物学专家。他执掌福建医科大学校务，倡导“三大发展战略”，即“医、药、健康”发展战略、“创新、创业、创造”人才培养发展战略以及“国际化、国家战略、本土特色”之特色发展战略，致力于将福建医科大学建设成具有国际竞争力的医学高水平研究型大学。